Dưới sự hướng dẫn của Thượng tọa Thích Nhật Từ, Chùa Giác Ngộ chủ trương hình thái Đạo Phật Ngày Nay[9], tu tập theo pháp môn Tứ Thánh đế, nhấn mạnh tu thiền Vipassana, Tứ niệm xứ.

Tông chỉ của Chùa Giác Ngộ là nhập thế và truyền bá Phật pháp qua các hoạt động giáo dục, hoằng pháp, văn hóa và từ thiện. Chùa sử dụng các nghi thức tụng niệm thuần Việt[10], đề cao văn hóa Việt Nam.

Chùa thường xuyên tổ chức các khóa tu một ngày an lạc[11] vào chủ nhật hàng tuần, quy y Tam bảo vào các ngày rằm lớn như rằm tháng giêng, rằm tháng tư, rằm tháng bảy, rằm tháng mười và các lễ hội văn hóa Phật giáo. Phật tử trung niên và lão niên tu học vào sáng chủ nhật, thanh thiếu niên Phật tử sinh hoạt vào chiều chủ nhật. Chùa thường xuyên tổ chức lễ cưới (lễ hằng thuận) cho các Phật tử, giúp họ sống hạnh phúc theo tinh thần Phật dạy.